difficile essere certi del problema, dall'immagine.
In ogni caso io ti suggerisco di fare la zoccolatura su ul Lucido separato, al quale assegnare un numer di "gruppo di intersezione" unico, diverso da quello degli altri elementi. Così i Muri che formano la zoccolatura si legheranno solo fra di loro, e non con i Muri "veri" dell'edificio.