In realtà le finestre le vedrai sempre perchè la classificazione "Non Portante" che hai assegnato non ha impatto sulla visualizzazione parziale della struttura.
Per non vedere le finestre nella vista 3D devi passare per un metodo "manuale", vale a dire che devi filtrare gli elementi visibili tramite il comando "Filtra e taglia gli elementi nel 3D”. Ma è per l'appunto un comando manuale che devi all'occorrenza attivare o disattivare manualmente, senza automatismo.
Per la pianta puoi passare attraverso le OVM mostrando le finestre solo con il foro.