Non riesco a vedere bene l'immagine perchè è piccola, però tra le opzioni delle booleane devi scegliere il metodo giusto per te. Se vuoi elminare la parte superiore, scegli sottrazione con estrusione superiore (mi sembra che si dica così, non ho il programma sotto mano). L'elemento che usi usi per tagliare non lo devi cancellare, ma mettere su un lucido creato apposta e nasconderlo.
Ciao