Quando cambi la modalità di visualizzazione da simbolico a proiettato le OVM non hanno più effetto sull'oggetto, proprio perchè non hai più una visualizzazione simbolica ma reale del serramento.
Se ho bene inteso hai un muro che si eleva su due livelli, puoi tranquillamente fare un muro da livello 0 a 1 e un muro da livello 1 a 2 così la finestra la posizioni sul muro più alto e risolvi il problema di visualizzazione in pianta.
Non so se ho inteso bene il tuo problema, magari allega lo screen di una sezione che chiarisca meglio la situazione, ciao