Da che mi risulta il DPR 380 non prevede la SCIA di agibilità in sanatoria....
Premesso questo ripeto che la legittimità delle opere è definita dall'atto che le ha autorizzate....quindi nel tuo caso la destinazione è definita dall'ultimo permesso autorizzato, sia esso una concessione, permesso a costruire, SCIA.
Correttamente la tua SCIA prevede come stato e destinazione di fatto quanto previsto nell'ultimo atto. L'unica cosa che il comune potrebbe eccepire è se all'epoca le opere, e relativo scambio d'uso, siano state realizzate...ma questo lo puoi provare facilemente (se te lo chiedono) con contratti d'affitto, bollette delle forniture di servizi, ecc.
Il comune di ha scritto qualche cosa a tal proposito?...riesci a farti dire sulla scorta di quale riferimento di legge sostengono che il cambio non è avvenuto per mancanza di agibilità?