No, non dà assolutamente nessun problema.
Hai eliminato la Mesh? Non ricordo se dopo la conversione rimane anche quella.
Se, come sembra dai disegni, la vetrata occupa interamente la parte piana della copertura, puoi semplicemente TOGLIERE la falda superiore. Poi ci metti un lucernario scelto con lo strumento Oggetto oppure, ancora meglio, un CurtainWall.