Le operazioni booleane sono molto comode, soprattutto per le loro proprietà associative... purtroppo ArchiCAD non le digerisce molto bene, ed appesantiscono molto la gestione del modello.
Potresti provare a registrare il risultato come oggetto GDL (magari in formato binario), mantenendo comunque una copia degli elementi originali in lucidi spenti, per eventuali modifiche successive, o per avere punti di di snap che con l'oggetto forse perderesti...