Non è infrequente, anzi. Le parti non sezionate difficilmente si legano correttamente (a parte le linee più esterne). Di solito la parte sezionata ha un esito migliore, ma ogni tanto anche lì si trova una riga di troppo che non va via...
In certi casi la legatura è obiettivamente problematica (intendo anche nella realtà) ma in genere il 3D risulta corretto, e il problema è tutto nella gestione del 2D di ArchiCAD, che è "simbolico" e non "proiettato".