In realtà si, ma è vero che le falde sovrapposte creano sempre delle problematiche.
Quello che accade, e che potrai verificare, è che si è generato un taglio tra la falda superiore e quella inferiore, selezionando tutte le falde e facendo il taglio purtroppo accade questo.
Elimina il taglio ma verifica se serve fare altre operazioni, tipo dividere i muri in corrispondenza delle varie falde in modo che i corpi di taglio taglino correttamente i muri. E' più difficile da dire che da fare..